W tym samym roku nastąpiła likwidacja samorządu miejskiego. Odtąd nie było już wyboru władz miejskich, tylko mianowania. W połowie 1805 r. właściciel Terespola, Kazimierz Adam Czartoryski, zwrócił się do władz austriackich, aby miastu temu nadać charakter wolnego obszaru celnego. Propozycja ta została odrzucona i doczekała się realizacji dopiero w okresie Księstwa Warszawskiego. W drugiej połowie 1805 r. dokonano nowego podziału kościelnego. Na mocy bulli papieża Piusa VII zniesiono diecezję chełmską, a utworzono diecezję lubelską. Do nowego biskupstwa lubelskiego włączono cyrkuły: lubelski, bialski i siedlecki. Biskupem lubelskim został dotychczasowy biskup chełmski Wojciech Leszczyc-Skarszewski. Powstały nowe dekanaty, np.: międzyrzecki, do którego należały parafie: Kock, Serokomla, Łysobyki, Radzyń, Komarówka, Wohyń, Kąkolewnica i Międzyrzec Podl.

We wrześniu 1805 r. przez Podlasie przeszły dążące na pomoc Austrii korpusy rosyjskie Buxhövdena, Michelsona i Bennigsena - razem około 35 tys. żołnierzy. Oddziały te maszerowały kolumnami według planu: przez Terespol - Małaszewicze - Białą - Międzyrzec - Łuków - Stoczek - Garwolin - Puławy. 23 września przebywającej chwilowo w Siedlcach księżnej Izabeli Czartoryskiej doręczono list z wiadomością, że do Puław przybędzie z wizytą sam car Aleksander I. Natychmiast tam pośpieszyła. 26 września cesarz był już w Brześciu, a 30 września przybył do Puław. Wojska rosyjskie były źle zaopatrzone przez własne służby kwatermistrzowskie. Z powodu niskich urodzajów w Rosji Aleksander I apelował do przyjaźni cesarza Świętego Cesarstwa Rzymskiego Franciszka I i ograniczył się tylko do częściowych dostaw mąki, kaszy i owsa. Zgłodniałym sołdatom ludność Podlasia musiała dostarczać na kwaterach chleb i mięso. Nieoczekiwany przemarsz spowodował wiele nadużyć ze strony oddziałów moskiewskich, doprowadził do rabunków, zaborów bydła, palenia domów, a nawet do pobicia i okaleczenia opornych mieszkańców. Austriacy przewidując wojnę z Francją, w swoim interesie zakładali nad Bugiem w rejonie Mężenina i Sarnak wielkie magazyny zbożowe. Mimo że imperator przebywał w Puławach ponad dwa tygodnie, „Plan puławski” księcia Adama Jerzego Czartoryskiego - wskrzeszenie Polski przy rosyjskim udziale - zawiódł całkowicie.

Na początku grudnia 1805 r. miała miejsce słynna bitwa pod Austerlitz, gdzie połączone wojska austriackie i rosyjskie doznały ciężkiej porażki, tracąc 15 tys. zabitych i 20 tys. jeńców. Wkrótce car Aleksander w ucieczce z pola bitwy „pędem i po kryjomu przebiegał ziemie polskie”. Zatrzymał się tylko na krótkim i smutnym popasie u ks. Konstantego Czartoryskiego w Międzyrzecu Podlaskim w towarzystwie marszałka dworu hrabiego Mikołaja Tołstoja. Jak pisze Kajetan Koźmian, o 12.00 w nocy wszedłszy do pokoju przebudzonego i zdziwionego księcia rzekł: „Każ mi dać koszulę do odmienienia, już kilka dni jedną noszę, tak nas przyjął Napoleon pod Austerlitz”. Opowiedział księciu przebieg bitwy, uspokoił o brata księcia Adama i kilka chwil zabawiwszy pośpieszył dniem i nocą do Petersburga.

Na początku roku 1806 tą samą trasą wracały pobite oddziały rosyjskie. Tym razem Rosjanie płacili już talarami holenderskimi i okazywali życzliwość ludności polskiej. W tym roku dziedzic dóbr Woźniki koło Łosic Dominik Kuczyński zapisał chłopom pięć wsi - 20 tys. złp, z których pobierali rocznie 5% (1000 złp.) na zapomogi.

Na początku listopada 1806 r. doszły na Podlasie wiadomości o zwycięstwach francuskich pod Jeną i Auerstädt. 28 listopada 1806 r. Napoleon był już w Poznaniu. Do kraju zaczęły napływać odezwy Jana Henryka Dąbrowskiego. W siedleckie dotarł nawet uniwersał wojewody gnieźnieńskiego Radzimińskiego o zwołaniu pospolitego ruszenia. W dworach szlacheckich na Podlasiu odbywały się burzliwe zebrania, odczytywano odezwę Dąbrowskiego, wzywano młodzież do zaciągania się do polskich szeregów, gromadzono uprząż i kupowano broń. Dostawcom wojska austriackiego odmawiano sprzedaży produktów. Mimo że Austriacy wzmocnili kordon graniczny, młodzież i obywatele przedzierali się w kierunku zachodnim. Do Warszawy przedostali się ze znanych osób m.in. Stanisław Małachowski z Czemiernik, Aleksander Sapieha z Wisznic, Joachim Moszyński z Borowego, Jan Ossoliński ze Sterdyni, Ignacy Wężyk z Witulina. Były stolnik K. Wężyk ,żegnając syna Ignacego w Witulinie, powiedział „Ja waszeci nie pozwalam iść w służbę, boby mnie za to Austriaki dokuczały, ale jak waść stąd znikniesz… czy ja waspana upilnować mogę”. Potem dodał - Niech nasz rezydent da mu pieniądze na konia i mundur. Dzięki pomocy zaprzyjaźnionych ziemian Ignacy przeszedł granicę ówczesnej Galicji w lesie koło Okuniewa i wkrótce zameldował się w Warszawie. Władze austriackie szalały. Starego szlachcica spod Siedlec Jana Olszyńskiego posądzono o rozpowszechniane Mazurka Dąbrowskiego i adresu do Napoleona. Groziła mu surowa kara, ale na szczęści komisarz policji Jan Juraszek wymusił na nim przysięgę, podsuniętą przez urzędników, że są to plotki i on nic nie wiedział o tym adresie.